Uma vez instalado o Apache, no diretório raiz da instalação, se encontrarão os seguintes diretórios:

bin: arquivos executáveis do Apache.

conf: arquivos de configuração do servidor.

error: arquivos com as mensagens de erro do servidor, em várias linguagens.

htdocs: diretório raiz padrão do servidor (Salvam-se as páginas Web).

icons: diretório onde se encontram os ícones que o servidor utiliza (entre outras cosas para mostrar estruturas de diretórios).

logs: diretório onde se armazenam os registros de acesso e erros do servidor.

manual: diretório onde se encontra o manual do Apache.

proxy: Diretório com os arquivos do cache do servidor.

Basicamente, as configurações do servidor residem dentro de dois arquivos, o de configuração principal que se encontra dentro da pasta conf, com o nome httpd.conf, ou dentro de um arquivo com o nome .htaccess que se pode encontrar dentro de qualquer diretório que se encontre mapeado dentro do servidor. Dentro de cada um destes arquivos se localizam as diretrizes de configuração. Muitas destas diretrizes de configuração se podem encontrar tanto dentro do arquivo de configuração principal como dentro de um arquivo .htaccess. Os valores das diretrizes que se encontram dentro de um arquivo .htaccess, prevalecem frente aos valores de configuração especificados dentro do arquivo httpd.conf.